Если организация сдает в аренду принадлежащее ей помещение (а если физическое лицо передало в пользование юридическому?), то это уже коммерческая деятельность. Как оформляется коммерческая деятельность, отчетность (НД, баланс и т.д.), ставки/льгот » Агентство Инноваций и Развития
